染色体异常做三代试管婴儿手术PGD筛查胚胎是比养囊难的，因为在养囊的过程中会淘汰掉大部分特殊胚胎或是染色体异常的胚胎，然后再进行PGD筛查胚胎的情况。如果养成囊胚的数量较少，那么后面就很有可能出现PGD筛查胚胎后无胚胎合格可以移植的情况。即使是养成囊胚的数量很多，在经过第三代试管婴儿PGD筛查后，可能也只有几个或是1-2个囊胚合格可以移植。因此，染色体异常做三代试管婴儿手术PGD筛查胚胎比养囊难。
第三代试管婴儿PGD筛查技术，主要用于检查胚胎是否携带有遗传缺陷的基因，可以筛查出近百种遗传疾病。精子卵子在体外结合形成受精卵，并发育成囊胚后，要在其植入子宫前进行基因检测，以便使体外授精的试管婴儿避免一些遗传疾病并能提升试管婴儿成功率。虽然带有基因缺陷的试管婴儿患者，在养囊的过程中就能排除60%-80%的异常胚胎，但通过PGD筛查后，能更准确的淘汰合格的囊胚，所以三代试管婴儿是PGD筛查比较难的。
其实不管是第三代试管婴儿养囊还是PGD筛查技术，都是比较难的，只是PGD筛查胚胎比养囊要更难一些。因为染色体异常做三代试管婴儿的人群，都是有遗传疾病等才会选择去染色体异常做三代试管婴儿，那么对于PGD筛查这出众程的话，很多囊胚都会因为基因有问题而被筛查掉。因此，染色体异常做三代试管婴儿手术PGD筛查胚胎是比养囊难的。
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