试管怀孕和自然怀孕没有太大的差别，在怀孕12周去医院建卡时也可以说是自然怀孕，这个主要是根据孕妇自身和家属的意愿决定。但有些医院可能需要计算女性的预产期，如果不准确告诉医生自己的是试管怀孕，那么在预产期的计算方面可能会出差错，因此还是建议大家如实告知医生怀孕的方式。
需要看医院的情况，试管怀孕后建档和自然怀孕建档是没有区别的，不管是试管怀孕还是自然怀孕，在孕12周的时候尽量去医院进行建档，第一步就是先转备好证件，身份证、医保卡、准生证的原件及复印件，还有以前的化验单、B超单据等，然后去医院进行挂号、填资料、交资料病进行缴费，拿到孕妇病例后就去需要进行检查的可是进行检查，进行建卡建档。
可以自己决定，但建议告诉医生，如果告诉医生知道是试管婴儿，医生会标记高危，产检的时候会非常小心，提醒孕妇的各个注意事项，并且在告知了医生的情况下，国内大多数医院的医生都会在围产手册上写IVF-ET，但是由于现在做试管婴儿患者相对更年轻，且数量也多，可能部分医院也不会进行特殊标记，建议选择这个医院进行建档。