人工周期中囊胚和冻囊胚的移植时间是没有区别的，移植时间都是根据女性身体情况来判定的。新鲜囊胚一般在配成胚胎后一周左右就可以进行移植，但是保存胚胎移植，就说明女性的身体存在异常，需要等到身体恢复健康之后才能够进行移植。除此之外囊胚和冻囊胚的区别就只是在储存的方式和培育的方式存在一定的差异。
人工周期冻胚移植的最佳时间是月经中期，也就是月经周期的15天左右，但具体的移植时间是因人而异的，因为冻胚的移植时间需要从各方面考虑，比如说从女性的身体状况、子宫内的环境、生理周期等来确定最佳的移植时间，但如果患者存在某些疾病，或有感冒发烧，那就暂时不能进行移植。
人工周期囊胚移植一般在月经月经中期，也就是月经的第一5至18天移植是比较合适的，但是有些病人的月经周期紊乱，或者有些女性的卵泡生长的比较慢，这样就会在对应的月经期要往后才能进行移植。有些病人的卵泡生长很快，本身月经的周期就是比较短的，这样就会在月经周期的14天以前移植。