治疗肾囊肿的药物主要包括以下几类：

长效抗生素：如头孢曲松、氨苄西林等，用于预防或治疗囊肿感染。利尿剂：如噻嗪类利尿剂（如氢氯噻嗪）、襻利尿剂（如呋塞米）等，可增加尿液排出，减轻囊肿压力。止痛药：如非甾体消炎药（如布洛芬、吲哚美辛）等，可缓解囊肿引起的疼痛。血管紧张素转换酶控制剂（ACEI）和血管紧张素受体阻滞剂（ARB）：如托普利、洛沙坦等，可减轻囊肿内血管扩张和高血压。中药治疗：如桃仁、山药、茯苓等，可根据中医辨证施治原则进行药物调理。

需要注意的是，药物治疗只能缓解症状，无法治好肾囊肿。对于较大的囊肿或囊肿引起的严重症状，可能需要进行手术治疗。治疗方法应根据具体情况由医生来确定。