肝内胆管癌的病因目前尚不完全清楚，但以下因素可能与其发生有关：

慢性胆管炎和胆囊炎：慢性胆管炎和胆囊炎可能导致胆道的慢性炎症，长期炎症兴奋可能增加胆管细胞的恶性变异危险。胆石症：长期存在的胆石可能引起胆管的慢性炎症和损伤，增加胆管癌的发生危险。肝硬化：肝硬化是肝内胆管癌的重要危险因素，可能与长期的肝炎细菌感染、酒精滥用等因素有关。先天性胆道异常：一些先天性胆道异常，如胆管囊肿、胆管扩张等，可能增加胆管癌的发生危险。寄生虫感染：一些地区的寄生虫感染，如华支睾吸虫感染，可能增加胆管癌的发生危险。遗传因素：个体的遗传因素可能与胆管癌的发生危险相关，但具体的遗传基因尚不清楚。

需要注意的是，以上因素仅为可能的病因，具体的病因机制还需要进一步研究和探索。