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内分泌异常主要包括甲状腺功能亢进（甲亢）、甲状腺功能减退症（甲减）及亚临床甲状腺功能减退症（亚甲减）、糖尿病等。存在上述问题的患者一般建议控制好病情后方可受孕。甲状腺功能异常，对于存在轻微的甲状腺功能亢进患者，可以服用丙基硫氧嘧啶等抗甲状腺药物，该药比较安全，不会增加胎儿畸形的发生率。存在甲状腺功能减退的患者有生育需求时，一旦确诊就需要接受甲状腺激素治疗，建议甲状腺功能恢复正常3个月后再考虑妊娠，并在妊娠期坚持服用甲状腺激素。对于存在亚临床甲状腺功能减退的患者应酌情补充左甲状腺素钠，将促甲状腺激素控制在正常水平。糖尿病对于已经确诊为糖尿病的患者，建议在受孕前将血糖控制到正常水平。对24～28周孕妇进行糖耐量试验，可做口服葡萄糖耐量试验（75gOGTT），也可先行50g糖筛查试验，检查未过关者需要再行OGTT确诊。对于妊娠期糖尿病可以从饮食、运动及药物等方面进行调整。建议存在妊娠期糖尿病患者少量多餐、定时定量进餐，对控制血糖非常重要。
如果男方抽烟每天超过10支受孕的成功率会大大。精子浓度和精子活力在正常低限以内或精子处理后运动精子浓度低于0.3x10/ml,也往往会失败。如果精子形态存在严重缺陷（正常精子形态率小于4%),很难获得如愿的妊娠。除了免疫性不育患者可以建议治疗达到6个周期之外，人工授精一般不要超过4个周期。在4个治疗周期后怀孕的概率确实非常低，最终能分娩的治疗费用将达到IVF / ICSI的水平大多数"男性因素"所致不孕不育夫妇，在治疗男性后可以解决生育问题。已经明确证明导致精子缺乏的疾病应在实施辅助生殖技术之前进行有效治疗。病因治疗联合含特定成分的营养素能显著增加受孕的成功率，降低每次孕育子女的费用，减少母亲和子代的风险。临床操作关键点精液质量异常的男性应检查是否存在精索静脉曲张。（接触式）温度记录仪是最准确的诊断方法。通过双侧精索内静脉逆行造影和栓塞的非手术治疗是首选方法，虽然在技术上要求较高，该方法可以完全阻断血液反流。精子浓度低的患者应当进行治疗，同时辅以伴随疾病的治疗。补充特定营养素可以提升生育力恢复的速度。
人类胚胎的器官分化发育最敏感的阶段为停经的第5～11周（有人认为是5～13周），如果在这个最敏感阶段服用对胚胎或胎儿有伤害的药物，最容易导致出生缺陷的发生。在此之前，它还只是一个受精卵，是一个细胞团，还没有组织器官的分化和发育，即使服用了有害药物，一般也不会增加出生缺陷的发生率，一旦有影响就会导致胚胎停止发育，这就是所谓的“全或无”的理论。在此之后，多数重要组织器官已经分化完毕，以后主要是组织器官的继续长大，服用药物一般不会引起出生缺陷，即使引起出生缺陷，也往往比较轻。但是需要注意的是，人体的某些器官或系统是在孕中晚期才开始发育和完善的，我们不能简单的一概而论，要看具体的药物和它可能影响的器官和系统。
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