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实际上，有卵巢内膜异位囊肿的患者进行卵巢手术，不管是随囊肿剥除了有卵子的卵巢基质，还是由于电凝引起的对皮质的热损伤，都是对卵巢功能有损害的。在一项病例对照的研究中，Aboulghar等报告IV期子宫内膜异位症手术后IVF的妊娠率明显低于同年龄组的输卵管因素的不孕患者。有些研究人员报告卵巢手术后的患者无论是优势卵泡数量还是获卵数都明显减少。而其他人没有观察到这种不同。比较子宫内膜异位囊肿的激光汽化和剥除两种治疗结果的一项随机试验保证可以对这一题目得出明确结论。卵巢反应性的下降可能和手术过程不相关。对此，基于组织学的分析，有人报告，卵巢子宫内膜异位囊肿壁周的卵巢组织形态学发生改变并且可能是没有功能的，表明功能的破坏可能在手术之前已经存在。因此，在有大的卵巢巧克力囊肿治疗史的患者中观察到的卵巢反应性减退可能也是这一疾病本身导致的结果。当为这些患者制订非手术治疗方案时需要考虑到这一点。
AO染色的显微镜分析法，采用酸化固定剂使细胞核变性后用荧光显微镜观察，而不再需要流式细胞仪，当然，AO染色后是可以联合流式细胞仪进行分析的。有研究显示正常生育力男性和不育男性精子AO染色结果具有显著性差异。反映男性自然生育力的正常染色质百分率的"分界值"为80%~50%（绿色荧光）。如果精子含有过多的单链DNA( ssDNA )，检测时仅有较少量绿色荧光（<50%)，则会对常规IVF受精产生不利影响。但是与ICSI的妊娠率和活产率没有关联，不含有单链DNA精子的患者，其妊娠率最高。甲苯胺蓝是另一个用于染色质正染和异染的碱性核染料，它能够大量地掺入到致密染色质中，属于针对DNA结构和包装敏感的结构探针。具有完整染色质的精子头部能够染成淡蓝色。核异常的精子（头部染成紫色的精子）与AO染色方法中头部染成橘黄色精子在计数结果上是一致的。
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