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染色质异常包装的两个主要原因为组蛋白﹣鱼精蛋白替换缺陷(如上所述)和染色质碎片。精子DNA碎片在低生育力男性中较为常见。生理和环境应激因素、基因突变以及染色体均能够干扰精子发生中染色质包装这一高度精细化的生物化学过程。这种干扰最终可导致染色质结构的异常,继而影响生育力。应激也能够通过调亡和坏死机制诱导染色质结构异常,从而导致精子染色质碎片。此外,在精子发生过程中如果内源性核酸酶﹣- DNA拓扑异构酶II poII)的切断和结合活性异常也会导致染色质碎片的产生。长形精子细胞中存在高水平的topo II和DNA缺刻。存在反映出需要消除因负性超螺旋导致的DNA链的扭曲,长形精子细胞中负性超螺旋的产生与核小体组蛋白被鱼精蛋白替换及DNA三级结构的修饰有关。