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内分泌异常主要包括甲状腺功能亢进（甲亢）、甲状腺功能减退症（甲减）及亚临床甲状腺功能减退症（亚甲减）、糖尿病等。存在上述问题的患者一般建议控制好病情后方可受孕。甲状腺功能异常，对于存在轻微的甲状腺功能亢进患者，可以服用丙基硫氧嘧啶等抗甲状腺药物，该药比较安全，不会增加胎儿畸形的发生率。存在甲状腺功能减退的患者有生育需求时，一旦确诊就需要接受甲状腺激素治疗，建议甲状腺功能恢复正常3个月后再考虑妊娠，并在妊娠期坚持服用甲状腺激素。对于存在亚临床甲状腺功能减退的患者应酌情补充左甲状腺素钠，将促甲状腺激素控制在正常水平。糖尿病对于已经确诊为糖尿病的患者，建议在受孕前将血糖控制到正常水平。对24～28周孕妇进行糖耐量试验，可做口服葡萄糖耐量试验（75gOGTT），也可先行50g糖筛查试验，检查未过关者需要再行OGTT确诊。对于妊娠期糖尿病可以从饮食、运动及药物等方面进行调整。建议存在妊娠期糖尿病患者少量多餐、定时定量进餐，对控制血糖非常重要。
促性腺激素分泌不足性、低雌激素的排卵障碍(WHO1）患者可能会由于下丘脑或垂体的问题而导致。要区分这两种情况，促性腺激素释放激素（Gn - RH）刺激试验可以提供帮助。当脑垂体功能正常时，脉冲式的处理会使得血清促性腺激素增加。生殖治疗可能包括一个脉冲式的泵或直接外源性的促性腺激素刺激卵巢。而持续的的作用则会导致垂体"降调节"，这在IVF治疗过程中被应用，以防止过早LH的上升，下丘脑功能不足时，脉冲式激素作用可能通过生理反馈而恢复排卵。在给予刺激的情况下，由于缺乏脉冲发生器，它必定会发生黄体功能不全（下丘脑功能障碍）。这种黄体功能不全是可以通过黄体支持预防的，从排卵期开始提供人绒毛膜促性腺激素（hCG）或黄体酮，直到滋养细胞分泌足够的促性腺激素正常的不排卵虽然对于促性腺激素正常的不排卵患者的经典治疗（WHO2）是克罗米芬及卵泡刺激素，一些新的干预措施已被证明是有益的。尽管如此，目前还不清楚它们会在哪一点上为经典治疗增加价值。减轻体重体重被认为对卵巢功能有重大影响作用，近50%WHO2患者肥胖。胰岛素抵抗和随之增加的血清胰岛素浓度被认为在因肥胖所引起不利影响的病理生理中发挥关键作用。这些影响可能不仅包括加重周期紊乱（不排卵），孕早期流产的发生，及在怀孕期间的各种疾病（高血压、妊娠糖尿病、不好的新生儿结局），同时也增加了长期的健康风险例如糖尿病、心血管疾病。此外，在促排卵治疗中，超重和肥胖患者获得好的结局者较少。
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