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虽然彗星试验在原理上比较简单，但是将该方法应用于精子的检查并不是那么容易，因为利用凝胶电泳技术检测DNA损伤的彗星实验。在DNA提取并电泳后，损伤的DNA "像一个"彗星"。显微视野下的动态视频图像转移到计算机后，可以利用专门的软件来分析DNA碎裂的水平。其中用于评价的一个指数为尾距（彗尾长度（tail length , TL）和彗尾DNA百分含量的乘积彗尾密度（tail density , TD ))。尾距可以分为三个水平，即：轻度、中度和重度，分析结果分别给出三者的百分比打开高度致密的精子核，只有这样在电冰时DNA才能释放出来。这就需要去垢剂、酶（RNase和（或）蛋白酶K )，和（或）二硫键还原剂等高效的化学试剂的处理，这样才能导致DNA的断裂。此外，精子DNA的可染性是动态的，随着精子DNA的打开以及与其交联蛋白（鱼精蛋白）的降解和去除，精子DNA染色性逐渐增加。因此，直接比较留在精子（彗星）头部和运动到彗尾中DNA的量比较困难。
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