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它们直接测定DNA链的断裂情况,但是断裂的来源不是很清楚。在体细胞中,TUNEL对凋亡造成的DNA降解更敏感,而缺口平移认为是反映坏死的指标可以利用能与DNA结合的荧光染料对精子进行单细胞凝胶电泳结果显色,这种荧光彗星实验可以对单链和(或)双链DNA缺口损伤的程度进行定量有赖于pH值。因此,彗星实验作为一种检测DNA损伤非常敏感的手段被推荐。研究显示彗星实验的结果与TUNEL和SCSA分析具有显著的一致性。该方法操作简单,实验内部变异低,且费用低,因为彗星实验依靠荧光显微镜,该分析需要有经验的观察者来分析涂片并对结果做解释。与SCSA检测相似,彗星实验同样有效地应用于对冷冻后精子DNA损伤的评估。同时,也可以对IVF和ICSI后胚胎发育进行预测,尤其是对不明原因的不孕不育。