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克罗米芬在下丘脑、垂体和其他部位的雌激素受体结合作为雌二醇的竞争性拮抗剂发挥作用。下丘脑弓状核部位雌激素受体的阻断导致促性腺激素释放激素的分泌增加进而增加（可能还有）脉冲频率而不是脉冲幅度。此外，克罗米芬还可以通过类似雌激素的作用方式增加垂体对的敏感性。这些作用的结果是，在克罗米芬给药期间，分泌的血清浓度增加3~4倍。上升的刺激卵泡生长，而刺激留体合成。与促性腺激素周期不同，克罗米芬周期更容易促使单卵泡发育，由于在卵泡期雌二醇的负反馈使下调而削弱了多卵泡发育作用。由于克罗米芬为雌激素拮抗剂，克罗米芬诱发排卵时要求有完整的下丘脑﹣垂体﹣卵巢轴和雌激素。由于它的作用部位，克罗米芬的每日剂量必须一次性服用，以使其优先进入下丘脑和中枢神经系统的受体部位。
卵巢过度刺激综合征（OHSS）是促排卵的另一个严重的并发症。其可能是轻度的也可能是严重威胁生命而需要住院治疗的。不论是否经过恰当治疗，血栓形成都是严重OHSS的最具危害的并发症，可能最终导致死亡。尽管重度OHSS的发生率很低，但要记住OHSS并非是为抢救生命而进行的治疗中发生的医源性并发症，这一点非常重要。ART治疗而出生的婴儿中，出生缺陷的发生风险是一个具有争议的问题。大部分的研究ICSI与IVF出生婴儿与自然出生婴儿出生缺陷比较的出版物都有严重的方法学上的局限；大部分的研究者都忽略这一点而得出风险没有增加的结论。Hansen等对2003年以前出版的关于比较IVF和（或）ICSI出生的婴儿与自然妊娠出生婴儿出生缺陷发生的所有资料进行了系统回顾。依照这一回顾，综合相关研究结果表明，ART后出生的婴儿与自然妊娠出生的婴儿相比较，发生出生缺陷的风险是增加的。这一点是应该让寻求ART治疗的夫妇知道的。控制性超促排卵要将卵巢暴露于超生理水平的促性腺激素之下而使大量的卵泡发育以帮助受孕。激素治疗在癌症发生上的远期效应尚不明了。一些学者特别提出了对在卵巢刺激过程中和之后卵巢癌发生风险的担心。将避孕药的使用和妊娠次数这样的混淆因子去除调整后的研究表明，长期不避孕而仍无子女的不孕妇女卵巢癌风险增加。这些妇女的风险是来自她们的不孕本身还是由于促排卵药物的作用已经成为许多研究的主题。目前为止，卵巢癌的风险与不孕症药物治疗具有相关性是肯定的，但尚未最后确定。已观察到在不孕治疗药物和卵巢交界性肿瘤之间有更紧密的联系。
实际上，有卵巢内膜异位囊肿的患者进行卵巢手术，不管是随囊肿剥除了有卵子的卵巢基质，还是由于电凝引起的对皮质的热损伤，都是对卵巢功能有损害的。在一项病例对照的研究中，Aboulghar等报告IV期子宫内膜异位症手术后IVF的妊娠率明显低于同年龄组的输卵管因素的不孕患者。有些研究人员报告卵巢手术后的患者无论是优势卵泡数量还是获卵数都明显减少。而其他人没有观察到这种不同。比较子宫内膜异位囊肿的激光汽化和剥除两种治疗结果的一项随机试验保证可以对这一题目得出明确结论。卵巢反应性的下降可能和手术过程不相关。对此，基于组织学的分析，有人报告，卵巢子宫内膜异位囊肿壁周的卵巢组织形态学发生改变并且可能是没有功能的，表明功能的破坏可能在手术之前已经存在。因此，在有大的卵巢巧克力囊肿治疗史的患者中观察到的卵巢反应性减退可能也是这一疾病本身导致的结果。当为这些患者制订非手术治疗方案时需要考虑到这一点。
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