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对于不孕不育患者和持续无排卵患者的治疗，目的在于恢复其正常的生理，即一个单一优势卵泡的选择和单个卵泡排卵（ESHRE卡普里研讨会集团）。这个过程通常被称为"诱导排卵"。另一种应用于不孕症患者的超促排卵治疗，是针对接受助孕治疗的患者。这些治疗的目的是促使多个而不是单一的优势卵泡发育，从而使机体处于非正常的生理状态。在不孕症患者中不排卵是比较常见的因，它可被视为影响怀孕的绝对因素。当恢复了正常的排卵周期则被认为是非常好的治疗结果，同时生育问题迎刃而解。不排卵通常根据月经周期紊乱（稀发或闭经）和实验室检查结果的综合判定进行分类。大多数的不排卵患者（约80%, Rowe等，1993）拥有正常的雌二醇、卵泡刺激素血清浓度，而一小部分（约10%）两种激素血清浓度下降［根据世界卫生组织（WHO）的分类，。剩余的那部分（约10%）患者将被列为WHO3，她们的血清FSH升高，E，下降导致不排卵，这是由于卵巢功能衰退或卵巢早衰所致。而诱导排卵可以被视为对于WHO1（低促性腺激素性无排卵）和WHO2（促性腺正常，雌激素正常的无排卵）的一个有效的治疗方案，对于WHO3组的治疗方法（高促性腺激素，低雌激素）排卵障碍患者只能局限于体外受精治疗（通过**捐赠）或通过抱养。在患者内可以再分出一个亚群，即众所周知的多囊卵巢综合征。多年来对与这个综合征的定义一直存在很大的争议，直到2003年在荷兰鹿特丹举行一次会议达成共识。
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虽然该项检测特异性高，但它需要密切关注其严格的评分标准，以保证检测的准确性并减少检验员之间的变异。目前为止，无法自动化操作限制了应用该技术在辅助生殖医学中进行相关研究的数量。精子核DNA损伤的检测已经研发了一些用于评估精子染色质完整性的检测用法，它们评估男性生育力的检测效能正被广泛研究。总的来讲，所有检测方法可以分为三类：①精子染色质结构探针；②精子DNA碎片直接评估；③精子核基质的检测。另外，还有其他一些不常用的方法，如高效液相色谱法。减少DNA扭曲产生的能量。该类型染料与松散DNA的嵌合力较低，与变性的和碎片化的DNA不结合。在这种情况下，将染料结合到DNA磷酸化残基的外部机制和聚合型染料受到青睐（异染性：AO聚合体结合到DNA呈现红色荧光）。20世纪60年代以来就已知碎裂的DNA易于变性。
经直肠超声中能够诊断的病变包括泌尿生殖结构的发育不良或发育不全、囊肿、扩张、钙化和结石。约1%~2.5％的男性不育症患者和4.4%~17%的无精症患者患有输精管发育不全，并经常伴有精囊的发育不全。单侧输精管发育不全的患者推荐进行超声检查，因此类患者伴有同侧肾脏畸形的发生率为91%。此种综合征的病因在于输尿管与输精管的胚胎起源均为午非管。患有先天性输精管发育不全的男性应进行生殖咨询，因为82％的此类患者会出现与囊性纤维化相关的基因突变。精囊囊肿较为少见，可以为先天性或获得性。先天性精囊囊肿常伴发同侧肾脏的发育不全或异位输尿管，后者的输尿管常连接一个发育不良的肾脏，其末端开口于精囊。如果精囊囊肿处于中心且长到足够大时，会引起精囊管的堵塞。
