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鉴于SCSA结果与常规WHO精液参数相比在长时间内不会发生变化，有人主张可将其有效用于男性不育的流行病学研究。对很多实验室而言，运行流式细胞分析费用高昂，而且严格的质量控制意味着精液样本需送到大的中心实验室进行该项检测。SCSA检测与下述DNA损伤检测相比特异性稍差，除了检测精子DNA损伤，它能检测鱼精蛋白替换的程度和鱼精蛋白之间二硫键交联水平。事实上，SCSA数据包括了：①未检测到的、含中等水平和高水平DNA碎片精子的百分率；②高度易于着色精子（含较少鱼精蛋白的未成熟染色质）的百分率；③使用未处理精液分析时精子残骸、细菌和破碎细胞的相对含量。在预测不育时，该方法的低特异性可以作为一个优点，因为它可以检测到一种或多种类型的精子缺陷。
核染色质异常的检测，染色体非整倍体的检测在第一或第二次减数分裂中期，会发生染色体不分离，导致精子含有异常染色体组。荧光原位杂交( FISH）可以方便地在精子细胞分裂间期评估染色体倍数，有研究显示人类精子染色体非整倍体的发生率远高于其他生物。设计针对特定染色体相对较大片段（通常0.2~2Mb）的特殊荧光探针，当探针与精子样本杂交后，在荧光显微镜下可见被标记的染色体部分在精子头部呈现荧光区域。多种探针技术能对不同的染色体组合进行检测，可以区分单一染体的二体性和二倍体。由于人眼区分颜色差异的局限性，一次仅能使用3~4种不同探针进行分析严重少、弱和（或）畸形精子症患者的精子具有较高的非整倍体率，这可能就是造成其WHO精子参数异常的原因。有证据表明在受精或胚胎第一次细胞分裂时缺少预防非整倍体的选择机制。但是尚不清楚非整倍体精子增加到何种程度后会对辅助生殖和自然生育造成不利影响。
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