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虽然彗星试验在原理上比较简单,但是将该方法应用于精子的检查并不是那么容易,因为利用凝胶电泳技术检测DNA损伤的彗星实验。在DNA提取并电泳后,损伤的DNA "像一个"彗星"。显微视野下的动态视频图像转移到计算机后,可以利用专门的软件来分析DNA碎裂的水平。其中用于评价的一个指数为尾距(彗尾长度(tail length , TL)和彗尾DNA百分含量的乘积彗尾密度(tail density , TD ))。尾距可以分为三个水平,即:轻度、中度和重度,分析结果分别给出三者的百分比打开高度致密的精子核,只有这样在电冰时DNA才能释放出来。这就需要去垢剂、酶(RNase和(或)蛋白酶K ),和(或)二硫键还原剂等高效的化学试剂的处理,这样才能导致DNA的断裂。此外,精子DNA的可染性是动态的,随着精子DNA的打开以及与其交联蛋白(鱼精蛋白)的降解和去除,精子DNA染色性逐渐增加。因此,直接比较留在精子(彗星)头部和运动到彗尾中DNA的量比较困难。