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遗传病变是另外一种导致基因组损害和缺陷的机制，效应可能非常轻微或灾难性的，根据影响的类型可以将它们分为三个类别。第一类包括染色体非整倍体和重排：染色体的重排会造成特定染色体上一系列基因表达量或在基因组中的环境发生改变；第二类包括亚显微缺失（微缺失）：多种基因在分子水平上的微缺失或重排会导致其表达模式的改变；第三类包括单基因缺陷：单一基因（或核心元件）的表达改变或缺失，进而导致男性不育。这些病变可发生在人类的所有染色体上，包括被认为与男性生育相关的300个基因中的任何一个。其位置可以在内含子和外显子的区域中，因而很难预测会产生何种效应。
精子是在睾丸中制造的原产品，是没有任何能力受精的，必须在附睾这个男性最宝贵的“仓库”中保存一段时间后，才能使精子变成成熟的种子。科学研究证明，如果精子长期储存在“仓库”中不排出，会导致精子的老化和运动能力下降，从而失去受精能力。另外的研究表明，早期的流产中，有一部分是因为长期储存在“仓库”中的精子的染色体变异而引起。所以，从生育角度看，精子不能在“仓库”存得太久！
1.降低人类着床率：已经证明与自然周期相比，中进行低了子宫容受性，这是由于超生理水平类固醇激素诱导了与子宫容受性相关的子宫内膜发生形态和生物化学功能改变而导致。我们还发现对促性腺激素具有高反应性的女性着床率较低，并且这种高反应性确实会引发 。更为有趣的是，在着床前阶段使用较低剂量，逐降刺激治疗方案降低水平时，子宫容受性也有所改善。
2.降低**质量：已有人提出会对**质量产生不良影响。已报道成熟度和质量较差会导致受精率降低，胰岛素分泌紊乱患者中，具有卵巢的肥胖、非雄激素过多女性患者亚群的**受精率较低，其产生的胚胎无法着床。已提出了多种预防的策略，根据以上描述鉴定出最具发病风险的女性。此目的通常很难全部实现，因此采取多种做法以避免综合征的全面爆发：
3.取消给药：文献中有众多证据支持是引发的主要诱因，可能是通过其他不知名介质所介导的；所以取消给药是避免发生的安全方法，此方法将治疗周期推迟至卵巢稳定之后进行。治疗周期的取消会产生经费和情绪影响，使患者和医生具有挫败感，并可能因此错过大部分情况下不会发生临床病症的治疗周期；但当被怀疑可能发生重度的情况下，这仍是一种有效安全的方法。
4.卵巢电烙术：虽然脑垂体脱敏疗法后进行的腹腔镜卵巢透热疗法对具有发病风险女性来说并不是一线选择的治疗方法，但此疗法被认为可以预防。此疗法的作用机制尚不清楚，似乎是通过破裂富含雄激素的囊肿、破坏分泌雄激素的间质或解体增厚的卵巢被膜来操控卵巢内的内分泌环境。腹腔镜卵巢电烙术适用于之前因为具有风险而至少取消一个治疗周期的女性。
