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染色质异常包装的两个主要原因为组蛋白﹣鱼精蛋白替换缺陷（如上所述）和染色质碎片。精子DNA碎片在低生育力男性中较为常见。生理和环境应激因素、基因突变以及染色体均能够干扰精子发生中染色质包装这一高度精细化的生物化学过程。这种干扰最终可导致染色质结构的异常，继而影响生育力。应激也能够通过调亡和坏死机制诱导染色质结构异常，从而导致精子染色质碎片。此外，在精子发生过程中如果内源性核酸酶﹣- DNA拓扑异构酶II poII）的切断和结合活性异常也会导致染色质碎片的产生。长形精子细胞中存在高水平的topo II和DNA缺刻。存在反映出需要消除因负性超螺旋导致的DNA链的扭曲，长形精子细胞中负性超螺旋的产生与核小体组蛋白被鱼精蛋白替换及DNA三级结构的修饰有关。
既然有卵裂期胚胎和囊胚之分，那二者之间有什么本质区别？什么条件适合养囊胚呢？前面提到过，养囊胚是在卵裂期胚胎基础上对胚胎进一步培养的过程，理论来讲，在这个过程中质量差的胚胎将在体外条件下被筛选，停止发育或者质量太差而被淘汰，也就是说，囊胚是经过进一步筛选之后的一个产物，且能发育到下一个阶段，其质量自然也就相对比较高，因此，移植囊胚的成功率一般要比卵裂期胚胎的成功率高。第3天质量较好的胚胎养囊胚的成功率比质量较差的胚胎出胚率要高。除了胚胎质量较高外，囊胚移植时更符合种植期，所以，移植囊胚发生宫外孕的概率也会较移植卵裂期胚胎低。目前很多生殖中心对于年龄大、生育二胎、瘢痕子宫、子宫较小、身高偏低的女性，为了减少怀双胎或者多胎带来的不良影响，一般都是建议进行单囊胚移植。值得注意的是，移植两个胚胎的成功率并不是移植一个胚胎成功率的两倍，只是有一定比例的提高而已，因此，对于移植一个或者两个胚胎也不要有太大的顾虑，其实生殖中心的医生一般会根据患者的身体条件等进行综合考虑，并提供一个最佳的移植方案。虽然囊胚移植的成功率要比第3天卵裂期胚胎移植成功率高，但是并不是所有患者都是适合养囊胚，因为在囊胚培养阶段部分质量差的胚胎存在养囊胚失败的风险，这对于部分存在胚胎数量少或者胚胎质量偏差的患者来说，这种条件下养囊胚会导致最后可能无可利用的胚胎情况的发生。
纯化自尿液或经重组技术制备的是目前不孕症夫妻治疗的关键，各个公司正研发新的配方和新的设备以注射不同的产品。然而必须通过注射给药的治疗性蛋白使用不便，且患者顺从性低，这促使科学家进行研究以找到可以实现促性腺激素作用的替代分子。目前制药产业通过两种不同途径实现完整的卵泡生成过程，即一种是通过作用于受体下游元件的途径，另一种是通过探索研发出可以口服使用的小分子激动剂途径，制药产业的最终目的是降低治疗成本，增加这些化合物的安全性，并且更为重要的是大幅度增加患者的治疗顺从性，从而为医生提供更多的灵活性。因此，低分子量促性腺激素受体激动剂可以成为治疗不孕症的新疗法基础解决重组和尿液产品药理问题的一种替代方法是使用小分子或激素模拟物的方式。在历史上，肽／蛋白质受体的小分子激动剂的发现是一个巨大的挑战。对于而言，由于大小此挑战尤为艰巨。然而，最近通过不同化学方法和高通量筛查过程鉴定出越来越多的激素受体小分子激动剂，不仅如此，这种方法有多个优点，其中主要优点是可以配制出给药控制性更强的化合物。另外，口服给药化合物也可能是解决顺从性问题的有效方法。实际上，促性腺激素的小分子模拟物的潜在优势在于不存在免疫原性，副作用较少以及非注射型给药方式，而且小分子的生产成本也较低。缺点包括与相比，小分子模拟物的半衰期较短，并且效力各不相司，但通过医药化学可研发出理想的促性腺激素。
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