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染色质异常包装的两个主要原因为组蛋白﹣鱼精蛋白替换缺陷（如上所述）和染色质碎片。精子DNA碎片在低生育力男性中较为常见。生理和环境应激因素、基因突变以及染色体均能够干扰精子发生中染色质包装这一高度精细化的生物化学过程。这种干扰最终可导致染色质结构的异常，继而影响生育力。应激也能够通过调亡和坏死机制诱导染色质结构异常，从而导致精子染色质碎片。此外，在精子发生过程中如果内源性核酸酶﹣- DNA拓扑异构酶II poII）的切断和结合活性异常也会导致染色质碎片的产生。长形精子细胞中存在高水平的topo II和DNA缺刻。存在反映出需要消除因负性超螺旋导致的DNA链的扭曲，长形精子细胞中负性超螺旋的产生与核小体组蛋白被鱼精蛋白替换及DNA三级结构的修饰有关。
近年来，高质量的临床观察和基础生物学研究显示某些疾病可能导致男性不育，而且已经开发出了很多有效的治疗方法。主要由男性因素所致不孕不育的比例逐渐增加尤其是生物学家和妇产科医生采用辅助生殖技术检测到了越来越多的精液质量异常的男性。但是，随着时间的推移，各种致病因素的流行病学已经发生了改变，某些特定疾病逐渐变得少见（生殖道感染所致的梗阻性无精子症），而更常检测到另外的一些疾病（如精索静脉曲张）。磁共振成像和计算机断层扫描也可进行射精系统的评价。由于分辨率较低，其在射精管与其周围结构的评价中的作用有限。采用一种直肠内线圈所成的T2序列图像被证实能有效评价射精系统。由于是多平面扫查，分辨率高，所以在诊断小的前列腺囊肿、评价囊内容物以及周围组织的检查中优于经直肠超声，但此范围的应用受限于它的高昂费用及低分布率，而且对钙不敏感，导致与钙有关的病灶诊断率较低。钙化与石样变被认为是射精管阻塞的主要原因。由于经直肠超声检查无创，费用合理，并发症少，诊断率高，目前已成为射精管阻塞的首先检查方法。近期一篇文章应引起注意，经直肠超检查结果与那些局部创伤性检查的结果吻合率较差。经直肠超声诊断的阻塞病例与精囊腺X线造影术、精囊穿刺术和输精管染色检查的结果吻合率分别为52%、48%和36%。该文作者认为，如果仅仅依赖于经直肠超声的检查结果，52％的患者将会接受不必要的外科治疗。
