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如果经直肠超声检查发现射精管的梗阻是继发于纤维化或钙化，或者是靠近表面的中线囊肿，则建议进行经尿道切除或射精管开窗术。手术方式可因病变的不同而不同，但都会涉及射精管末段的切除术、囊肿的开窗术或两者联合，如果没有引导方式确定射精管，准确确定切除深度和定位引起梗阻的病变并不容易。而且，理论上直肠壁、外括约肌和膀胱颈的损伤较为常见，因为这些不育症男性的前列腺体积很小。在TURED中进行经直肠超声可监测手术切除深度，防止并发症，并观察手术效果。采用染色剂（在膀胱镜检查时）或采用染色剂和超声增强造影剂的混合物（在经直肠超声中）注射人精囊，然后使用经直肠超声确定射精管经直肠超声也可应用于治疗性穿刺以减小梗阻性囊肿的大小，这种方法适用于不能解决的深处囊肿，是一种简单且相对无创的囊肿减小方式，但常不能根治，囊液可再次蓄积。
输精管末端的纤维化和钙化继发于炎症或感染。这些病灶在经直肠超声中常表现为高回声区。经直肠超声可以判断射精管道与钙化灶之间的解剖关系，还能发现射精管末端的扩张，这是存在末端梗阻的直接证据。需要指出的是由过度纤维化造成的梗阻可伴有或不伴有明显的射精管扩张。如果既往没有感染史或手术史，这种情况则提示存在亚临床感染射精管末端梗阻的诊断标准。无精症患者在经直肠超声中发现精囊扩张，其前后径大于15mm或射精管直径超过2.3mm时，高度提示射精管末端梗阻。但在射精管不完全梗阻或精囊、射精管扩张不明显时（即过度纤维化患者），单独依靠经直肠超声则难以确诊。对于此类表现不典型的患者，可通过经直肠精囊穿刺得到确诊。如果穿刺样本在高倍镜下每个视野发现3个或以上的活动精子，则应考虑末端梗阻的诊断。穿刺应于射精两小时后进行，因为正常精囊内此时不含活动精子。
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