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与其他物种相比，人类精子染色质包装在自身及人与人之间变异非常大，这种变异性主要归因于其基本的蛋白组分。与正常生育力男性相比，不育症男性精子组蛋白：鱼精蛋白的比率增加。此外，哺乳动物精子仅含有一种鱼精蛋白，而人类精子含有缺乏半胱氨酸残基的鱼精蛋白。因而造成了在人类精子中维持稳定包装的二硫键交联与只含有P1的物种相比明显减少。P1和（或）P2浓度改变所致的P1/P2比率异常与男性不育相关。除了染色质重排，组对精子发生至关要，在基因敲除动物中的研究显示，重组降低与精子发生减少相关。绝大部分位于核内，仅有一小部分线粒体来源的DNA位于精子的中段，精子线粒体为小的环状，不与蛋白质结，具有较高的突变率。精子的活力与中段线粒体的含量有关，有研究显示线粒体的突变或缺失会导致精子活力降低。虽然线粒体主要为母源性，但已有研究发现父源性线粒体变也可以传递给子代。
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