对于试管婴儿及新生儿，试管婴儿双胎妊娠的早产、试管婴儿宫内发育迟缓、宫内窘迫及试管婴儿出生缺陷等的发生率，明显高于单胎妊娠。试管婴儿双胎妊娠的晚期流产率和早产率远远高于试管婴儿单胎妊娠，这样连一个健康的足月试管婴儿都不能成功生下来，即使试管婴儿存活，试管婴儿早产儿其各个器官和系统发育，也可能落后于单胎试管婴儿。
除了试管婴儿生理方面的影响，试管婴儿双胎妊娠分娩及早产儿的救治、抚养均远高于单胎妊娠的试管婴儿足月儿，这会给普通家庭带来不小的压力。同样，试管婴儿医生们建议37岁以下：试管婴儿单胚胎移植；37～39岁：获一个以上试管婴儿胚胎者，试管婴儿单胚胎移植；无试管婴儿胚胎者，考虑试管婴儿双胚胎移植。
