对于已经到了胚胎移植阶段的患者来说，植入失败是一个很大的打击，对试管的信心也会大大降低，这对医生来说是一个很大的遗憾和考验。胚胎植入不能成功植入，不仅是辅助生殖患者面临的一大难题，也是一直困扰辅助生殖的研究者和医生的问题。根据目前的研究，胚胎移植后植入失败的主要原因之一是子宫内膜接受胚胎的能力下降。
由于以下五个原因，子宫内膜接受胚胎的能力下降：(1)子宫结构异常：如：子宫先天性发育畸形(双角子宫，子宫腔有中隔)、子宫内膜息肉、子宫内膜炎和子宫腔内肌瘤。如果子宫肌瘤生长在子宫肌层，离子宫腔内膜一厘米以上，肌瘤大小不超过5厘米，不会影响试管婴儿的妊娠率。(2)子宫内膜薄:子宫内膜薄会因流产、月经异常(持续月经)或血液循环不良而变薄。子宫内膜的厚度应该达到多少才能让胚胎植入成功？到目前为止，还没有定论。然而子宫内膜厚度高于薄怀孕率是不争的事实。
(3)子宫腔持续积水:输卵管水肿不通会导致子宫腔积水，这是因为输卵管伞部(尾部)堵塞，导致输卵管内的积水流向子宫腔。持续的子宫腔积水会导致胚胎着床失败。但是多囊性卵巢患者在接受排卵药物刺激后，偶尔会引起宫腔积水，但不会引起植入困难(失败)的问题。(4)子宫内膜细胞分泌的粘合蛋白质量差，或者数量不足，或者子宫腔内某些细胞素过多或过少，都会影响胚胎着床的成功。例如胚胎着床期前后(排卵后六天)就会产生一种蛋白质。ανβ3.由子宫内膜细胞制造和释放。
如果这种蛋白质在胚胎植入期间制造或释放较少，也会导致胚胎植入失败。细胞素，如间白素1β(Interleukin(IL)-1β)过高或干扰素-γ(Interferon-γ)过低也会导致胚胎着床失败。(5)母亲本身患有自体免疫疾病，或者血栓形成与体质和习惯性流产有关，这是不争的事实，但目前还没有决定是否与胚胎重复着床失败有关。例如抗磷脂综合征是一种自体免疫反应疾病，即自身的免疫细胞会在身体细胞膜或任何微小器官上产生抗体，然后通过抗原抗体反应破坏细胞组织。目前抗磷脂综合征与习惯性流产有关，但与胚胎着床失败的关系还有待确定。
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