如果备孕期女性出现巧克力囊肿，要及时去进行治疗，以免巧克力囊肿影响怀孕，此外患者要在医生的指导下用药，不能擅自用药治疗。
一侧巧克力囊肿是能怀孕的。巧克力囊肿，也叫卵巢子宫内膜异位囊肿，属于子宫内膜异位到卵巢以后，而形成的囊肿。主要表现为进行加重性痛经症状。一侧卵巢巧克力囊肿，若是小的巧克力囊肿，一般不会影响卵巢卵泡成熟及排卵，但是较大的巧克力囊肿会影响到排卵功能，就会影响受孕率。如果另一侧卵巢正常，是能够怀孕的，但是其受孕率会下降约50%。
对于单侧巧克力囊肿的人来说，妊娠率是相对较高的，当巧克力囊肿的直径小于3厘米时，不会影响怀孕；直径大于3厘米时，需要注意防止其破裂；如果超过5厘米，则比较好进行手术。囊肿越大，不孕的机会越大，以下是囊肿对于怀孕的几率：
- ＜3cm概率为70-80%：如果囊肿的直径小于3㎝，属于微小病变，大多不会影响周围组织器官，此时怀孕的几率70%-80%左右；
- 5—6cm概率为60%：随着疾病的发展，巧克力囊肿直径达到5-6㎝时，盆腔解剖结构可能会发生改变，盆腔内微环境紊乱，导致免疫功能异常，损坏卵巢功能并降低子宫内膜容受性，不仅影响怀孕，还极易引发急腹症，造成流产和大出血的现象，此时怀孕的几率为60%且比较好进行手术治疗；
- 10-20cm易导致不孕症：直径达到10-20㎝的巧克力囊肿，可能会出现卵巢、输卵管周围粘连，进而影响精卵结合及运输，导致患者出现不孕症。
