试管婴儿是否安全一直存在很大的争议。一些研究表明，试管婴儿技术会使婴儿更容易患上某些疾病，但这些研究大多停留在婴儿出生、童年早期或青春期。
由于试管婴儿技术中有体外培养系统，配子和囊胚会在人体外停留一段时间，所以人们的担心是可以理解的，因为很多人担心使用试管婴儿技术出生的孩子体重较轻，可能会出现出生缺陷。没有证据证明试管儿童缺陷率高。但从目前的记录来看，试管婴儿技术的出生缺陷与自然妊娠后出生的儿童在统计上没有明显的区别，即出生缺陷没有明显增加。
但是因为试管婴儿有时是多胎，所以婴儿的体重统计数据比正常婴儿低。而且统计结果表明，正常出生的婴儿也有低体重的情况。此外因为选择试管婴儿技术的人大多是不育症患者，所以导致不育症本身也可能是导致婴儿体重减轻的原因。但目前还没有确切的证据表明体重偏低与试管婴儿技术有关。为何难以跟踪数据？
最后，解释了试管婴儿出生后是否健康:对试管婴儿健康和精神状态的评价需要长期跟踪其成长过程，积累足够的研究数据。但中国医疗机构目前还没有足够的精力和财力去全面、全面地跟踪。在跟踪过程中，患者地址、联系电话变更、担心他人知道儿童生活经历等民族文化心理因素，都会给跟踪试管婴儿带来很多困难，也给试管婴儿的健康评价研究带来困难。
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