孔囊胚的主要任务之一是开始分化出不同类型的细胞，这是胚胎发育的关键阶段之一。例如，内细胞团将最终形成胚胎本身，而外细胞团则将发展成为胎盘。
在这个阶段，胚胎也开始进行自我调节，以适应植入自己体内子宫的环境。这可能包括调节基因表达以适应不同的生理条件，以及与自己体内组织进行交流，以确保适当的营养给予。
此时，胚胎还在继续进行细胞分裂，以增加其细胞数目。这是为了确保在植入子宫壁后，胚胎能够继续发育并最终形成一个健康的胎儿。
第五天胚胎还可能在胚胎囊泡中进行某种形式的运动或活动，尽管这可能相对微弱。这种活动可能有助于促进细胞之间的交流和协调。
第五天胚胎还在准备好与自己体内子宫壁进行植入。这可能涉及到胚胎表面的一些变化，以便更容易地与子宫内膜相互作用并最终植入。