囊胚移植后，子宫内环境的影响也很重要。子宫内膜的厚度、血液给予情况以及子宫收缩等因素都可能影响囊胚的着床情况和发育速度。如果子宫内环境不够理想，可能会导致囊胚发育不良或者着床困难，从而出现深浅不一的现象。
个体差异也是影响囊胚移植后的发育情况的重要因素之一。不同的女性身体状况、年龄、生活习惯等都可能对囊胚的发育产生影响。即使在同一种治疗方式下，不同女性之间囊胚的发育情况可能也会有所不同。
移植后囊胚的发育情况还受到激素水平的影响。激素水平的变化可能会影响子宫内膜的厚度和质地，从而影响囊胚的着床和发育。在移植后的早期阶段，激素水平的波动可能会导致囊胚发育情况的不稳定，出现深浅不一的情况。