自然周期促排卵可能会增加促排卵周期的时间和不确定性。在自然周期促排卵中，医生必须根据女性的自然生理周期来确定最佳的促排卵时机。女性生理周期的变化是不可预测的，这可能导致促排卵计划的不确定性增加，从而延长了整个过程的时间。
自然周期促排卵可能会降低成功率。相比于通过药物控制生理周期的促排卵方法，自然周期促排卵的成功率可能较低。因为在自然周期中，女性的卵子数量和质量可能受到月经周期等因素的影响，这可能使得促排卵过程更加困难，从而降低了成功率。
自然周期促排卵可能会增加对医疗团队的依赖。相比于其他促排卵方法，自然周期促排卵需要医生和医疗团队更多地依赖女性的生理周期来确定最佳的促排卵时机。这可能需要更频繁的医疗检查和更多的医疗资源投入，从而增加了整个过程的复杂性和成本。
自然周期促排卵可能会增加对患者的心理压力。由于促排卵过程的不确定性和成功率的降低，患者可能会面临更多的心理压力和焦虑。他们可能会担心促排卵过程的结果，以及是否能够成功怀孕，这可能会对他们的心理健康产生负面影响。