免疫系统的健康对于试管婴儿的成功至关重要。一个健康的免疫系统可以帮助孕育出健康的胚胎，并减少流产的风险。如果免疫系统出现问题，可能会导致自然流产或胚胎着床失败，从而影响试管婴儿的成功率。
免疫系统问题可能会导致身体对外源性胚胎进行排斥。在试管婴儿过程中，外源性胚胎被植入自己体内子宫内，如果免疫系统过于活跃，可能会将外源性胚胎误认为是外来入侵物体，从而导致排斥反应，使得胚胎无法在子宫内成功着床。
并非所有的免疫系统问题都会对试管婴儿产生负面影响。一些免疫系统问题可能会通过特定的治疗方法得到控制，从而减少其对试管婴儿的影响。例如，针对自身免疫性疾病的患者可以通过药物治疗或其他干预手段来调节免疫系统，从而提高试管婴儿的成功率。
对于已经明确影响试管婴儿成功率的免疫系统问题，医生通常会建议患者在做试管婴儿前接受治疗。这可以包括调节免疫系统功能，减轻其对胚胎着床的负面影响，从而提高试管婴儿的成功率。