科学研究表明，三代试管但并不能完全消除遗传缺陷的风险。每个人的基因组都是独特的，即使是经过严格筛选的胚胎也可能携带一些隐性基因缺陷。
尽管三代试管技术可以帮助筛选出部分异常胚胎，但并不能百分之百地排除所有遗传疾病。一些遗传病可能在胚胎发育过程中尚未表现出来，因此仍然存在一定的风险。
环境因素也可能对宝宝的健康产生影响。即使是基因正常的胚胎，如果在孕期受到不良环境因素的影响，也有可能导致发育异常或遗传疾病的发生。
三代试管技术的安全性和成功率也在不断提高。医学界对胚胎的筛选方法和技术也在不断改进，以减少遗传缺陷的风险。