三代试管宝宝可能存在着一些缺陷，其中最常见的包括遗传疾病、出生缺陷和健康问题。在进行胚胎植入过程中，由于基因筛查等技术限制，仍然无法完全排除遗传疾病的风险。同时在胚胎培育和移植过程中可能发生错误，导致出生缺陷或其他健康问题。
遗传疾病
三代试管宝宝可能携带父母双方的遗传基因，其中一些可能是潜在的遗传性疾病。尽管在胚胎植入前进行基因筛查可以减少这种风险，但仍然难以完全排除。部分遗传性疾病可能需要长期治疗或监护，给家庭带来额外负担。
出生缺陷和健康问题
除了遗传因素外，三代试管宝宝还可能面临出生缺陷和其他健康问题的风险。在胚胎培育和移植过程中可能发生错误或并发症，导致婴儿出生时存在身体结构异常、器官功能障碍等问题。这些健康问题可能需要手术治疗或长期医学干预。