移植优质囊胚出现染色体异常的案例不多。但如果患者存在染色体方面的疾病，就可能会导致优质囊胚发生异常，而且染色体异常还与孕妇的年龄有关，年龄越大了，活产率就会降低。此外长期处于化学药品与辐射环境，或者是自身存在一些免疫性疾病，都是会造成囊胚染色体异常的。
优质囊胚也是会出现染色体异常的问题，囊胚是精子和卵子的染色体重新组合而成，如果精子与卵子在分裂、配对和组合中，出现染色体缺失、易位、数目增多、重复等情况，必会造成胚胎的染色体异常，会造成胎停和流产，如果夫妻双方存在染色体方面的疾病，是不建议养囊，如果想提高成功率，可以选择三代试管，出现胎停的几率很小。
试管培育出的优质囊胚，也是有可能会出现染色体异常情况的。临床上，专家们对胚胎等级的判断主要分为3个方面，分别是生长速度、胚胎形态、细胞中的胚胎碎片，在判断胚胎等级的过程中并不会对其染色体进行筛查，所以即使是优质囊胚，也是有可能会出现染色体异常情况。而为了避免这种情况的发生，患者可选择第三代试管技术对囊胚的染色体进行筛查，降低移植囊胚有染色体异常的概率。