使用鸭嘴杯可能会影响宝宝的口腔发育。鸭嘴杯通常设计成上窄下宽的形状，这样可以避免液体泼洒出来。这种形状却不利于宝宝正确地锻炼吮吸和咀嚼肌肉。长期使用鸭嘴杯可能导致口腔肌肉发育不均匀，甚至影响牙齿的正常生长。
使用鸭嘴杯还可能导致宝宝无法逐渐适应喝水的过程。由于鸭嘴杯吮吸比较容易，宝宝可能很快就能够喝完一整个杯子的水。在日常生活中，我们往往需要让孩子逐渐适应喝水的过程，以养成良好的饮水习惯。而使用鸭嘴杯可能会让宝宝一下子就摄入过多的水分，对肾脏和消化系统造成额外负担。
鸭嘴杯还存在清洁难度大的问题。鸭嘴杯内部通常有很多细小的凹槽和角落，这些地方容易滋生细菌。特别是当宝宝喝完奶或果汁后没有及时清洗，残留的液体会在杯子中滋生细菌，并可能引发口腔疾病和消化系统问题。
使用鸭嘴杯也可能影响到宝宝学习使用正常杯子的能力。长期依赖鸭嘴杯可能会让孩子对正常杯子感到陌生和不适应。当孩子稍大一点需要开始使用普通杯子时，他们可能会遇到困难，无法很好地控制流速和倾斜角度。