为了防止多胎妊娠，三代试管婴儿通常选择高质量的囊胚进行移植。医生会根据患者身体的具体情况选择囊胚移植的数量，移植单胎通常比多胎更容易植入，所以三代试管只移植一个囊胚，单胎妊娠的风险远低于多胎妊娠，多胎妊娠容易出现糖尿病、高血压等妊娠综合征，对妇女或胎儿有不良影响。
囊胚移植可移植一两个，最多不超过三个。但在大多数情况下，建议三代试管婴儿只移植一个高质量的囊胚。具体原因可分为以下三类：
1.囊胚本身质量好，单囊胚生长发育潜力好。如果移植的两个囊胚容易导致胎儿发育拥挤，不仅会给孕妇带来风险，还会导致小产儿或早产儿；
2.多胎妊娠比单胎妊娠更有风险。多胎妊娠更容易出现糖尿病、高血压等妊娠综合征，产后出血和新生儿早产的概率也会相对增加；
3.囊胚一般都有很好的发育潜力，着床机会很大，不需要进行多个胚胎移植。
第三代试管一般选择放一个囊胚，但具体放几个医生会根据患者的身体状况来确定，患者的子宫环境好，可以放两个囊胚来提高妊娠率，但在大多数情况下或放一个囊胚。