三代试管涉及较高的费用。手术、药物和医疗费用都需要考虑在内，而且成功率并非百分之百。如果失败需要再次尝试，则会增加经济负担。另外，长期治疗也可能导致心理压力和焦虑。
三代试管可能引发身体不适或并发症。手术过程中可能出现感染、出血等问题，对身体造成一定损伤。药物治疗也有可能引发副作用，如恶心、头晕等不适感。
成功率并不是肯定的。即使通过了三代试管手术，在妊娠初期仍有可能自然流产或其他并发症发生。这种情况下将面临再次进行手术或重新开始整个治疗过程的抉择。
三代试管也可能带来遗传风险。在胚胎移植前进行基因检测时，并不能完全排除所有遗传疾病的可能性。一旦孩子出生后确诊患有某种遗传性疾病，则家庭将面临更大的挑战。
对于女性来说，年龄也是一个重要因素。随着年龄增长，卵子质量和数量都会下降，从而影响成功率。在考虑进行三代试管时应该认真权衡利弊，并根据自身情况做出理性决定。