南京作为江苏省的首府，拥有多家有名气的医院和生殖中心，其中包括南京医科大学附属医院和南京试管机构医院等。这些机构拥有先进的设备和技术，专业的医护团队能够提供高质量的服务。此外，南京地处长三角经济圈，交通便利，生活环境优越，治疗过程中可以享受更好的生活品质。
在另一方面，上海作为中国比较繁华的城市之一，在生殖医学领域也具有举足轻重的地位。上海拥有多家国内外有名气的生殖中心，如复旦大学附属妇产科医院和上海市第一人民医院等。这些机构汇集了众多专家学者，拥有丰富的临床经验和先进的技术设备。同时上海也是一个国际化城市，能够提供更广阔的资源和更多元化的选择。
综合考虑两地情况，在进行三代试管时，选择上海可能会获得更为全面和专业的服务。但南京作为一个发展迅速且具备优越生活条件的城市，在治疗过程中也能给予患者更舒适愉悦的体验。在选择上海和南京进行三代试管时需要根据个人需求、经济实力以及身体状况做出综合考量，并选择最适合自己的方案。