三代试管技术存在着较高的成本。整个过程需要经济支持，并且不同国家和地区的价格也有所不同。对于一些家庭来说，这可能是一个承受不起的负担。
三代试管技术并非百分之百成功。尽管现代医学技术不断进步，但成功率仍然无法保证。这意味着可能需要进行多次尝试，增加了身体和心理上的负担。
在进行三代试管过程中可能会出现一些并发症或副作用。例如荷尔蒙治疗可能导致情绪波动和身体不适等问题，甚至在促排卵过程中可能会出现感染或其他风险。
三代试管技术也会带来一定的伦理道德问题。人们对基因编辑、生孩子等议题持有不同观点，这也使得这项技术备受争议。
在成功怀孕后, 仍然可能面临着孕期并发症以及宝宝出生后的健康问题。因为年龄等因素导致的怀孕风险并不能通过三代试管完全消除。