尽管遗传学家和医生会尽力筛查携带遗传疾病基因的胚胎，但并非所有遗传缺陷都能被发现。即使在进行基因筛查时，仍有可能漏掉某些变异或突变。即使通过三代试管技术选择了健康的胚胎，也不能完全排除患有某些遗传病的风险。
环境因素也可能对宝宝的健康产生影响。即使胚胎在试管中发育正常，但在子宫内发育过程中，受到自己体内环境的影响仍然存在风险。例如，孕妇在怀孕期间暴露于特殊物质或受到极端压力可能会影响胎儿的发育，增加先天性缺陷的风险。
即使是健康的胚胎也可能在胚胎移植或妊娠过程中出现并发症。例如，胚胎植入子宫后，可能发生着床失败或其他并发症，导致妊娠失败或早产，从而增加宝宝患病的风险。
父母的年龄也可能影响宝宝的健康。随着年龄的增长，父母的生殖细胞质量可能会下降，增加宝宝患病的风险。尽管三代试管技术可以在一定程度上缓解年龄对生育的影响，但并不能完全消除这种影响。