鉴于“第三代试管婴儿出生的婴儿是否一定健康”的问题，从医学角度来看，如果胚胎能够通过23对染色体进行检测，99.5%的概率在出生后是健康的，但我们不能保证胚胎在发育过程中不会发生基因突变。毕竟生活中有太多不可逆的因素。如果孕妈妈在怀孕期间不注意一些事情，即使做了染色体检测，仍然有可能生出不健康的宝宝。
因此，为了宝宝的健康，想要成功怀孕第三代试管婴儿的女性在怀孕期间也要按时做好产前检查，这样才能试管保证健康宝宝的出生。虽然第三代试管无法控制怀孕期间引起的胎儿畸形，但第三代试管技术最重要的保证是将健康的胚胎植入子宫。
临床数据显示，在所有做试管婴儿的不孕夫妇中，染色体异常引起的不孕问题约占总数的1/2，这意味着一半的概率是由此引起的。因此，大多数染色体异常的高危人群，如老年妇女、习惯性流产、多次试管失败但原因不明的人，都建议做第三代试管婴儿。由于第三代试管婴儿的基因检测技术可以筛查人体的23对染色体，提高试管成功率，同时可以有效避免反复流产、生化妊娠、胎儿流产、畸形胎儿等情况，为优生优育奠定更好的基础。
平衡易位、罗氏易位、倒置、环状染色体、片段缺失、重复等染色体结构异常。可能会导致流产、胎停等不良妊娠结果。第三代试管可以筛查遗传异常的胚胎。将正常健康的胚胎植入子宫不仅可以提高植入率，降低流产风险，还可以避免胎儿染色体异常引起的出生缺陷和染色体疾病，这也是为什么老年女性要做第三代试管。
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