三代试管婴儿发育畸形的原因有很多，一般来说怀孕的前三个月是胎儿发育的关键时刻，此时随意用药、接触小动物和x光照射都很可能导致胎儿发育畸形。还有如果外界环境不好、感染病毒、吸入有毒气体、饮食不当、不良的生活习惯等都有可能导致胎儿发育畸形。
做完三代试管婴儿，承受了一切的负担只为迎接一个可爱又健康的宝宝的到来，但不幸的是，有些人做完后会发生胎儿发育畸形的情况，出现这种情况的原因主要有以下几点：
1、孕早期用药不当：药物对胎儿致畸最敏感的时期是在怀孕3个月内。如果在器官细胞合成分化过程中受到药物干扰，就会导致胎儿器官畸形。在一段时间内使用一种药物可能会导致多个器官畸形，或多种药物可能会导致一种畸形；
2、病毒感染导致胎儿畸形：妊娠期病毒感染的发生率高于正常女性，几乎大多数病毒都会传染给胎儿。风疹病毒、巨细胞病毒、带状疱疹病毒对胎儿有严重影响；
3、有毒气体导致胎儿畸形：如果孕妇长期生活在有毒气体中，胎儿也会受到这些有毒污染物的影响，导致细胞分裂和组织器官变化，染色体突变是胎儿发育畸形的主要原因。
总之三代试管也会有畸形发生，根据大量研究表明，三代试管婴儿发生畸形的几率与自然妊娠是一样的，试管宝宝在体格、智能、精神、心理等方面与自然怀孕的宝宝并没有明显的区别。
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