二代试管囊胚和三代试管囊胚的区别主要在于是否经过染色体检查。首先，三代试管是在一代、二代的基础上发展，主要的优势就是针对遗传病患者的检测。其次，二代试管主要应用的是单精子注射的方法，所以胚胎质量无法保证。最后，二代试管是就可以移植囊胚，也可以移植鲜胚，但是三代试管大部分都是囊胚，因为要活检。
三代试管婴儿是在一、二代的基础上进行进一步的发展，因为主要针对的是遗传疾病的患者，所以在试管的过程中会对胚胎的染色体进行检测。如果染色体有问题的囊胎，就会被淘汰掉，选择健康的囊胎进行移植。这也是三代试管婴儿的优势
二代试管婴儿主要是应用人工注射单精子到卵子技术，针对的是卵子和精子不能自然受精的情况。这也就代表了二代试管只要能自然受精就好，而对于胚胎质量来说就不需要通过检测，甚至是可以移植鲜胚到母体宫腔中去。但三代试管是都会都对胚胎进行PGD检查，所以胚胎质量相对来说是更好。
二代试管移植的胚胎并没有限制，可以移植囊胚、鲜胚甚至是冻胚，但三代试管婴儿不同，对于三代试管来说，基于做PGD检测，所以一般移植的都是囊胚，因为需要采取囊胚滋养层细胞做活体检查。所以说大部分三代试管都会养囊，也会移植囊胚。
总之，二代试管囊胚和三代试管囊胚的区别主要在于是否经过染色体检查。
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