第二代试管婴儿在北京医科大学第三医院进行显微镜取精大约需要1000元，但这取决于谁做了这项手术。医生的职位不同，手术的收费标准也不同。一般来说，普通医生大约需要800-1000元。如果是北京医科大学第三医院的试管婴儿专家，费用会更贵，大约是1600元。手术比较精细，对医生的要求还是比较高的，所以收费也比较贵一点。
目前，北京医科大学第三医院生殖中心已开展**人工授精技术、人工授精技术、常规体外受精-胚胎移植技术、卵胞浆内单精子显微注射技术、植入前胚胎遗传诊断技术。据了解，北京医科大学第三医院试管婴儿的费用从4万元到10万元不等。
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