1.神经系统疾病：

脑梗死、脑出血：干细胞能促进神经系统的修复，改善患者的症状。

阿尔茨海默病、渐冻症、脑瘫、小脑萎缩、脊髓损伤、肌萎缩性脊髓侧索硬化等：干细胞移植在多数神经系统疾病中有明显效果或疗效。

2.免疫系统疾病：

系统性红斑狼疮、类风湿关节炎、自身免疫性肝病等：干细胞能重建患者的免疫系统，有效缓解自身免疫性疾病的症状。

红斑狼疮：造血干细胞移植可以重建红斑狼疮患者的造血功能和免疫功能，达到治疗目的。

3.内分泌系统疾病：

糖尿病：干细胞有可能通过恢复胰岛细胞功能，包括葡萄糖反应性胰岛素产生，恢复机体调节葡萄糖水平的能力。最近的研究显示，干细胞疗法在治疗1型糖尿病患者中取得了显著成果，所有患者在随访期间都表现出胰岛细胞植入和葡萄糖反应性胰岛素的产生。

4.眼科疾病：

视网膜病变、黄斑变性、视网膜色素变性、视神经发育不全等：干细胞能促进视网膜的修复，改善患者的视力。

5.妇科疾病：

卵巢早衰、子宫内膜损伤等：干细胞为不孕患者提供了新的治疗选择。