中山大学三院中医科为广东省级中西医结合核心专病中心(中西医结合肝炎肝硬化专科)，世界卫生组织乙肝中医药防治培训基地建设项目执行合作单位。科技重大专项十一五课题“慢性乙型重型肝炎中西医结合治疗方案优化研究” ，“慢性乙型细菌性肝炎细菌携带者的中医药治疗方案”课题协作单位。为中西医结合一级学科博士点。为中华中医药学会感染病分会常委单位。技术力量雄厚中医诊治肝病相关病有特色，病房收治一半多患者来自省内外。中医科有中西医结合病房。有中医肝炎，肝硬化，肝脏保健，医生及专科门诊。为加强中山大学的中西医结合工作中山大学将中山大学中西医结合研究所中山大学三院中医科。依托医院的省核心肝病实验室和中山大学中西医结合研究所强大的实验室功能和影象学(CT MRI，超声)病理学设备开展中西医结合基础和临床诊治研究工作。以中西医结合诊断治疗细菌性慢性重症肝炎，肝纤维化肝硬化失代偿合并感染，自发性腹膜炎，胆囊炎，胆道感染，结石，肝吸虫，肝癌，胃肠癌，肿瘤术后，酒精肝，肝炎后及高脂血症，脂肪肝，肝性脑病，乙肝相关肾炎，胃肠炎，内毒肿并发症，见各种顽固性黄疸，高转氨酶，低蛋白血症，高AFP血症，面色灰暗，目黄，发热，腹胀，腹胀，腹痛，消瘦，尿少，乏力，头晕，低血压，食欲不振，水肿，胸水，难治性腹水等的诊治研究为国内先进水平。此外中医诊治老年病，消化病，内，妇科，皮肤病，呼吸哮喘疾病，慢性支气管炎，肺气肿，肺心病，风湿类风湿骨关节性疾病，亚健康，高脂血症，高尿酸，糖尿病及其并发症，高血压及其并发症，心脑血管疾病，冠心病，眩晕颈椎病，泌尿系结石，急慢性肾病，不育不孕症均为中医科专长。中医科现有医务人员16人，具正专业职称医师二人，副专业职称医师三人(研究生导师3名)，中级医师8人 。培养博士后15人，博士生24人，硕士生37人。中医科为中山大学中西医结合临床硕士学位授予单位。每年都有来自各地考取的研究生来中医科攻读学位。同时中医科每年还接受来自各地的进修生。