三代试管婴儿技术，即胚胎植入前遗传学检测（PGT），主要目的是筛查染色体异常或携带遗传疾病基因的胚胎，从而提高妊娠成功率，降低流产率和出生缺陷的风险。然而，即使在PGT筛查后，也可能导致胚胎发育畸形或出生缺陷的主要原因如下：

1. 技术限制：虽然PGT可以有效地识别大多数染色体的数量和部分结构异常，但很难检测到一些小片段的缺失、重复或复杂的重排。此外，取样过程中的误差（如未获得代表性细胞）也可能影响检测结果的准确性。

2. 新的突变：新的遗传物质在胚胎发育过程中可能会发生变化。这种突变从未存在于父母体内，因此不能通过PGT提前发现。新的突变可能导致先天性胎儿疾病或畸形。

3. 非遗传因素：除遗传因素外，许多环境因素也会影响胚胎的正常发育。母亲营养不良，感染疾病，接触有害化学物质（如重金属和农药）、不良的生活习惯，如吸烟和饮酒，都会增加胚胎发育异常的风险。

4. 多胎妊娠：为了提高妊娠的可能性，有时会将多个胚胎移植到子宫中。多胎妊娠本身增加了早产、低体重儿童和其他并发症的可能性，然后可能间接导致新生儿畸形。

5. 操作错误：虽然PGT技术越来越成熟，但任何医疗行为都不能保证100%正确。实验室操作不当（如样本混淆）、检测结果可能会受到设备故障等因素的干扰，导致筛选错误。

6. 胚胎本身的原因：即使染色体的数量和结构正常，由于其他未知原因，胚胎也可能无法正常发育。例如，基因表达调节异常、蛋白质合成障碍等内部机制。

7. 免疫排斥反应：母体免疫系统的异常反应有时会攻击发育中的胚胎或胎儿，导致生长有限甚至畸形。这种情况通常需要进一步的诊断来澄清原因。

8. 母亲年龄：随着女性年龄的增长，卵子质量下降，即使通过PGT筛查选择高质量的胚胎移植，仍有一定比例的自然流产和胎儿异常风险。

综上所述，虽然第三代体外受精技术大大降低了遗传性疾病儿童的出生率，但并不能完全消除所有类型胎儿畸形的发生。因此，在辅助生殖治疗期间，建议患者密切关注自己的健康状况，按照医生的建议定期复查，并采取积极措施改善生活方式，以最大限度地确保母婴安全。