三代试管婴儿技术在深圳的应用主要针对有遗传病风险的家庭，希望通过这种技术筛选出健康的胚胎，避免遗传病传给下一代。社保能否支付相关费用的具体情况如下:

首先，根据我国现行的医疗保险政策，体外受精等辅助生殖技术通常不属于基本医疗保险报销类别。这意味着在大多数情况下，患者需要自费承担全部或部分费用。然而，随着国家生育支持政策的不断调整，一些地区开始探索将一些辅助生殖项目纳入医疗保险报销的可能性。

以深圳为例，虽然第三代体外受精技术尚未明确纳入医疗保险报销范围，但政府一直在努力完善生育保障体系，鼓励商业保险公司推出更多与生育相关的保险产品。因此，如果您计划在深圳接受第三代体外受精治疗，建议提前咨询当地医院和相关部门，了解最新的政策动态和报销情况。

此外，即使社会保障暂时无法支付这部分费用，患者仍可以通过其他方式减轻经济负担：

1. 商业保险：选择合适的生育保险产品，部分高端医疗保险可包括部分辅助生殖项目报销。

2. 医院优惠政策：部分私立医疗机构将为合格患者提供一定的折扣或分期付款服务。

3. 政府补贴：关注各级政府发布的有关生育支持的具体措施，有时还有专门针对辅助生殖技术的补贴项目。

最后，考虑到第三代体外受精涉及更复杂的医疗操作和技术支持，建议在选择医院时综合考虑其技术水平、成功率和服务质量。同时，我们还应注意保护个人隐私，并在整个治疗过程中与医生充分沟通，以确保更好的医疗体验。